تأتي الاستقالة بعد أيام من ظهور الشيخ الشثري في قناة المجد التلفزيونية، في حديث انتقد فيه السماح بالاختلاط في جامعة الملك عبدالله للعلوم والتقنية، مثيراً عاصفة من الجدل في الأوساط الإعلامية السعودية.

فخلال البرنامج، تلقى الشيخ الشثري سؤالاً من مشاهد قطري عن الاختلاط في جامعة الملك عبدالله، فردّ الشيخ الشثري باستفاضة، داعياً إلى منع الاختلاط في الجامعة التي أقيمت في بلاد الحرمين، كما دعا إلى تشكيل لجنة شرعية تتفقد منهج الجامعة ومدى توافقها مع الشرع.

إثرها، كتب رئيس تحرير جريدة الوطن السعودية جمال خاشقجي مقالا انتقد كلام الشيخ الشثري، متهماً قناة المجد التي استضافته بفتح باب الفتنة والتشويش على الجامعة، بعدها توالت المقالات الصحافية الناقدة للشيخ الشثري  في عدد كبير من الصحف السعودية والعربية، معتبرين أن القناة والشيخ الشثري تجاهلا الدور العلمي للجامعة وركزا على أمر آخر ليس ذا أهمية، وهذا يقود للفتنة ضد الجامعة.

بعد الحملة العنيفة ضده، تراجع الشيخ الشثري عن موقفه، واعتبر أن ما نُقل على لسانه حول الاختلاط تعرض للتحريف والتزوير، مؤكداً دعمه للجامعة.

وتحدث الشيخ الشثري في ردّ أرسله للصحف والمواقع الإلكترونية عن إيمانه بعظم دور هذه الجامعة وعظم الأهداف التي أنشئت لأجلها.

كذلك، تنصلت إدارة قناة المجد من تبني كلام الشيخ الشثري، فأكد الرئيس التنفيذي للقناة أحمد الصقر، أن الحديث قاله الشيخ الشثري ولم تقله قناة المجد، وبالتالي كلامه لا يعبر عن رأيها.

يُشار إلى أن الشيخ الشثري عضو في اللجنة الدائمة للبحوث العلمية والإفتاء, وأستاذ الفقه والشريعة في كلية الشريعة بالرياض.